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西学通过的侧门是教会，主要是一部分新教教会。
在甲午战争之前，教会也开办了一些学校，但层次大都很低，教学内容神学又占绝大比重，一点极粗浅的数理常识只能起到点缀作用。
所以在这一时期，作为译介西学的中介“侧门”
主要是一些新教差会办的书馆和报馆。
英国传教麦都思1843年在上海兴办的“墨海书馆”
，堪称是中国版图上最早译介出版西学的文化机构。
墨海书馆的工作得到了寄居上海的一些狂人和畸人的帮助，王韬和李善兰等人参与书馆译事。
在江浙一带，墨海书馆的科学仪器和所译之西书在士林中颇有名气，可以说，继林则徐、魏源、徐继畲等人之后，墨海书馆的工作再一次引发了士林中人对西学的兴趣。
光大这个事业的是传教士李提摩太和林乐知等人办的广学会和《万国公报》。
广学会的译介以神学和粗浅的自然科学常识为主，后者虽然比起江南制造总局译介的西学程度要浅，但却比较通俗易晓，因而有一定影响。
比较难能的是他们还译了些西方史地与政事方面著述，比如李提摩文译的《泰西新史揽要》，介绍西方各国资本主义发展的近况，一出台就在洋务圈中引起巨大反响，到了戊戌时期，该书行销达百万册以上，显然对推动变法有积极的作用。
此外，《万国公报》第三四〇卷刊载的《译民主国与各国章程及公议堂解》一文，在中国首次系统地介绍了西方三权分立、代议制度和选举制度，堪称当时介绍西方制度最有代表性的文章。
当然，这些新教传教士的工作，存在着与神学掺合的毛病，有时难免把西学搞得变了味，但他们的译介之功，毕竟是不能抹煞的。
西学的初步输入，在中国士子中出现了一小批精通西学的人物，徐寿、李善兰、王韬等等，再加上留过学的严复、马良、容闳、伍廷芳等，人数虽少，但毕竟是中国前所未有的“新人”
。
还涌现了一批像康有为和他的万木草堂众弟子这样半通不通的“西学通”
。
而且在沿海通商大埠，还有不少知晓只言片语的洋泾浜英语，了解只麟半爪洋学知识的士人。
徐珂的《清稗类钞》中，记载过一些考试时用阿拉伯数字掺入试卷，文章中出现卢梭字样的佚闻。
这些只有几滴西学水的士人，也许只是出于好奇，但也说明在戊戌变法之前，西学毕竟在中国有了一点痕迹。
在西学进入中国的同时，中国的书院也在悄然地发生了一些变化。
中国的书院与一般官方和私家的学校不同，它们实际上是某种学术研究院，具有不拘一格的自由讲学和讨论气氛。
有清以来，汉化的统治者有心也有意将书院变成了预备科考的进修所，在他们的授意下，书院逐渐变成了半官方的，由地方官支持。
肆业其中者，每月均有津贴（月饷），每月考试，内容与科考相衔接，无非是四书文与试帖诗，优者有奖银。
这样一来，书院的读书与研习就染上了强烈的制艺气味，有的时候，书院士子们更热衷的并非“圣贤原典”
，而是最近高中的试卷，即所谓“新科利器”
，由此去研究揣摩考官的喜好与时下的流行风气，士子一旦中举，即为肆业。
但是书院毕竟不同于官学，千余年自由讲学的传统，尽管被压制，还是剩有孑遗，书院民办的性质也未由官方插手而根本改变，这样，在急剧变化的情势面前，书院教育体系多少保持了一点弹性。
书院的变化是从鸦片战争前夕开始的，由于感受到了王朝末世的气息，一批士大夫再一次开始痛慨乾嘉朴学专事考据学风，更不屑于帖括制艺之术，开始倡导经世致用的实学，开此风气者，既有学者如包世臣、徐松、魏源、张穆、姚莹等人，也有名重一时的封疆大吏，陶澍、阮元、贺长龄、林则徐等人，风气所及，既波及到在朝的部分有志之士，也影响到书院的山长与士子。
1824年，时任两广总督的阮元在广州创设学海堂书院，这位编纂过《畴人传》（即自然科学学者传记）的名臣，将经世学风带进了书院，学海堂开始讲授经诂实学而不课八股。
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